| ステージリスト | 入手可能アイテム | 備考 |
| パタポンの帰還 | ポンの太鼓（契約時）,［はたポン］＆パタの太鼓＆パタパタの唄（開始時）,［やりポン*3］＆やりポンの記憶（移動中） | |
| パタタ平原で狩りをしよう | ポンポンの唄（開始時）,曲がったコンパス（オエップ△○△○） | 狩り兼金策 |
| 辺境からの脱出 | パカポンキャップ（ラスト手前の塚）,たてポンの記憶＆はがねの盾（たてポン成仏時）,鉄の槍（最後の小屋） | ランダム入手：① |
| ジゴトンの反撃 | はがねの斧（兜が違うたてトン）,はがねの槍（最後の小屋） | ランダム入手：① |
| ドドン盆地のジゴトン砦を突破せよ | チャカチャカの唄（ラスト手前の塚）,ゆみポンの記憶＆はがねの弓（ゆみポン成仏時） | ランダム入手：① |
| 鷹の目ゴーン見参 | はがねのヘルム（檻）,白紙の地図（途中の小屋） | ランダム入手：① |
| ドンガ遺産の守護者～かりそめの守護者ドドンガ | チャカの太鼓（開始時） | ランダム入手：モンスター参照 |
| ロストドンに眠る奇跡～不屈の巨龍マジドンガ | ドンの太鼓（開始時）,雨のミラクル（初回） | ランダム入手：モンスター参照 |
| 熱砂を越えろ | ②から1つ（最後の小屋） | ランダム入手：①②,［推奨］雨のミラクル |
| 砂に棲むもの | ざくポンキャップ（ガンチク） | スタート付近で雨を降らすとガンチク出現、中盤にもチャリンが稼げる花が出現する |
| ジゴトン襲来 | ②から1つ（最後の小屋） | ランダム入手：② |
| タマラン砂漠の巨大生物～砂漠の王ザックネル | きばポンの記憶（初回） | ランダム入手：モンスター参照 |
| よっこらオアシス争奪戦 | （入手確定はなし） | ランダム入手：② |
| ゴーン再び | ②から1つ（最後の小屋） | ランダム入手：② |
| 砂漠の楽園 | にごった水晶（モモッチ）,きんポンキャップ（プーチク） | |
| クネールを守る者～大いなるドカクネル | ポンパタの唄（開始時） | ランダム入手：モンスター参照 |
| またまたジゴトン襲来か!? | ②から1つ（最後の小屋） | ランダム入手：② |
| 輸送隊の護衛 | ③から1つ（最後の小屋） | ランダム入手：③ |
| 絶望 | クリアは可能だが難易度は高い。クリアできなくてもミッション失敗、リタイアでストーリーは進行する。むしろそれが普通。 クリアできた場合はクリア後のメデンの台詞が変化。 2と違って「絶望を切り開く鍵」「希望への扉」をショートカットするだけで、イベントアイテムの取得不可や「じめじめワールド」の消失などはないのでご安心を。 | |
| 絶望を切り開く鍵 | （入手確定はなし） | ランダム入手：③ |
| じめじめワールド | がしゃポンキャップ（パーチク）,追い風のミラクル（モッチッチィ） | |
| 希望への扉 | ③から1つ（城） | ランダム入手：③ |
| 決戦!!バチコイ山の城 | ③から1つ（風車） | ランダム入手：③,［推奨］追い風のミラクル＆ゆみポン |
| 山のヌシ現る～伝説の巨岩兵ガイン | でかポンの記憶（初回） | ランダム入手：モンスター参照 |
| 伝説の星空よ | われた道しるべ（救出時に）,③④から1つ（敵兵全滅時に） | ［推奨］追い風のミラクル＆ゆみポン |
| 願い星を求めて | くろい星（ほしポン）,かんポンキャップ（くろい星入手後） | 晴れの時にピーチク＆モッチッチィ出現 |
| ガイーン遺跡の覚醒～はがねの巨神ドガイン | ポンチャカの歌（開始時） | ランダム入手：モンスター参照 |
| メデン誘拐 | （入手確定なし） | ランダム入手：③④,［推奨］火属性でない武器,雨のミラクル |
| ゴーン決死の誓い | ゴーンの鎌orゴーンのかぶと（ゴーン） | ランダム入手：③④（ゴーン装備はどちらかしか手には入らない。体感では３：１の確率でかぶとがよくでる？）,［推奨］追い風のミラクル＆ゆみポン |
| 火吹き山の門番～カニは無慈悲な山の女王 | めがポンの記憶（初回） | ランダム入手：モンスター参照 |
| グチョッパ遺跡の怒れる爪～灼熱の爪チョッキング | 地震のミラクル | ランダム入手：モンスター参照 |
| ジゴトン領を超えて | ③④⑤のどれかから1つ（ズガガンク）,くもトンのヘルム（くもトン） | |
| 魔宮門ババーンの攻略 | ③④⑤のどれかから1つ（ババーン）,さそりトンのヘルム（さそりトン） | ランダム入手：③④⑤ |
| ジゴトンの女王 | くわがっトンのヘルム（くわがっトン） | ランダム入手：③④⑤ |
| カルマのペット～パタポン食い植物シュクル | 魔宮の模型（初回） | ランダム入手：モンスター参照 |
| 魔宮の守護者～底なしの胃袋シュシュクル | 嵐のミラクル（初回） | ランダム入手：モンスター参照 |
| 最終決戦 | ③④⑤のどれかから1つ（カルマ） | |
| 闇からの使者～ふたつの顔をもつ悪魔ゴルル | ― | ランダム入手：モンスター参照 |
