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善悪値、隠しパラメーターで、この値しだいで、エンディングが変化する。
善悪値の変化により、総司令部のバックボーン色が変化
マイナスよりになれば黒っぽく、プラスになれば白っぽくなる。

1.ヒーロー、ヒロインを開発する場合
怪人を開発した時 -2
ヒーローを開発した時 +3
ヒロインを開発した時 +6
2.ロボット・怪獣を開発する場合
怪獣を開発した時 -3
ロボットを開発した時 +2
3.事件イベントで出撃させる兵器による変化
怪人を出撃させる -1
ヒーローを出撃させる +1
ヒロインを出撃させる +2
怪獣を出撃させる +2
ロボットを出撃させる +1
4.事件イベントでの結果による変化
出撃した怪人が良結果 +5
出撃した怪人が不結果 -3
出撃したヒーローが良結果 +3
出撃したヒーローが不結果 -5
出撃したヒロインが良結果 +7
出撃したヒロインが不結果 -1
出撃した怪獣が良結果 +2
出撃した怪獣が不結果 -5
出撃したロボットが良結果 +3
出撃したロボットが不結果 -5
5.ボーナスイベントでの選択結果
ボーナス配布 +10
ボーナス無し -12
6.カモフラージュ施設の販売物による変化
怪人を販売 -1
ヒーローを販売 +2
ヒロインを販売 +4
怪獣を販売 -2
ロボットを販売 +2
戦闘機を販売 -1
空中戦艦を販売 -2
7.お仕置き実行による変化
お仕置き1回に付き -1

<AZITOオフィシャルガイドより>